Структура кузова Volkswagen Pointer соответствует современным требованиям по жесткости на кручение и прочности. Энергопоглощающие элементы кузова призваны минимизировать последствия даже серьезных дорожно-транспортных происшествий. Рулевая колонка выполнена травмобезопасной. При столкновении она перемещается вверх, предохраняя водителя от опасного контакта. Помимо этого, форма приборной панели и материалы, используемые при ее производстве, также травмобезопасны.

В стандартной комплектации сиденья оборудованы трехточечными ремнями безопасности. Передние и задние сиденья оснащены подголовниками. Во время движения за безопасность пассажиров отвечает автоматическая антиблокировочная система торможения ABS.

В качестве мер по обеспечению безопасности самого автомобиля от угона предлагается центральный замок с дистанционным управлением, а также комплексная противоугонная система с функцией "сканирование салона".